Может ли в качестве организации, входящей в состав торгового предприятия, выступать индивидуальный предприниматель?

Да, может. Предприятие может состоять из нескольких организаций, в числе которых могут быть не только юридические лица, но и индивидуальные предприниматели (ПБОЮЛ). Для такой организации должен быть выбран вид Индивидуальный предприниматель (ПБОЮЛ).

Для индивидуального предпринимателя указывается все необходимые данные: ИНН, номер свидетельства о постановке на учет, коды учета и тд. Определяется список ответственных лиц, налоговый орган, в котором предприниматель будет сдавать отчетность.

Точно так же, как для юридического лица, так и для индивидуального предпринимателя может быть введено любое количество банковских счетов и касс.