Как зарегистрировать, что сотрудник болеет, когда еще нет больничного листа?

В этом случае необходимо внести по сотруднику документ Отсутствие (болезнь, прогул, неявка) с видом отсутствия Болезнь (больничный еще не закрыт) или Отсутствие по невыясненной причине.

Отметить отсутствие сотрудника в 1С

Чтобы документ Отсутствие (болезнь, прогул, неявка) был доступен в настройках расчета зарплаты должен быть установлен флажок Прогулы и неявки (Настройка – Расчет зарплаты – Настройка состава начислений и удержаний – Учет отсутствий).

Какой из двух возможных видов отсутствия выбрать — решает пользователь.

Неявка Болезнь (больничный еще не закрыт):

в табеле обозначается так же, как больничный – Б;
не влияет на рабочий год для ежегодного отпуска;
в отчетности СЗВ-СТАЖ кодируется так же, как и болезнь – ВРНЕТРУД.

Использовать этот вид отсутствия целесообразно, если довольно точно известно, что сотрудник именно болеет.

Неявка Отсутствие по невыясненной причине:

в табеле обозначается кодом НН;
исключается из стажа, дающего право на ежегодный отпуск (конечно, если потом эта неявка будет «перекрыта», например, «больничным», то в стаж для отпуска этот период будет засчитан);
в отчетности СЗВ-СТАЖ по умолчанию совсем не включается в периоды работы.

Когда сотрудник в следующем месяце принесет больничный, можно не отменять документ Отсутствие (болезнь, прогул, неявка), а просто ввести документ Больничный лист. «Больничный» сам отменит действие документа, так как произойдет вытеснение периодов.