Как отразить прогул сотрудника?

Автоматического отражения факта прогула сотрудника в программе нет.

Для того чтобы учесть период прогула при начисление зарплаты необходимо вручную в документе Начисление зарплаты (раздел Зарплата и кадры — Все начисления) откорректировать количество оплачиваемых дней по окладу. После этого автоматически произойдет перерасчет размера оплаты по окладу, НДФЛ и страховых взносов.