Организация не применяет ПБУ 18\2. В декларацию по налогу на прибыль, попадают расходы отражённые ручными проводками, которые не должны учитываться в НУ?

Без применения ПБУ 18/02 в документе Операция (бухгалтерский и налоговый учет) для невключения расходов в декларацию по налогу на прибыль сумму в НУ указывать не нужно.