Не отражается пункт Премии?

Вероятно в базе нет ни одного вида начисления с «Назначением начисления: Премия». Поэтому ссылка на документ Премия не появилась в разделе меню «Зарплата».

Если такие виды начисления всё-таки присутствуют в программе, то попробуйте вывести ссылку на документ Премия в раздел «Зарплата» через «Настройку навигации».